Οι αρχαιολογικοί χώροι είναι από τη φύση τους νησίδες άγριας ζωής, γιατί εδώ προσφέρονται οι κατάλληλες συνθηκες για την ανάmυξη πλούσιας χλωρίδας - βλάστησης - πανιδας και προσφέρουν ασφαλές καταφύγιο για την αναπαραγωγή και τη διατροφή μεγάλου αριθμού πουλιών.
Στην Ακρόπολη, από παλιά, αλλά ακόμη και σήμερα, φωλιάζει η Κουκουβάγια (Athene noctua), σύμβολο της θεάς Αθηνάς και της Σοφίας..
Στα βράχια της Ακρόπολης, εκτός από τα Αγριοπερίστερα. φωλιάζουν τα σπάνια Βραχοκιρκίνεζα (Falco tinnunculus) (δύο ζευγάρια) και οι Γαλαζοκότσυφες (Monticola soIitarius) που το κελάηδημά τους μοιάζει με τον ήχο του φλάουτου.
Την άνοιξη σκίζουν τον ουρανό με χάρη τα Σπιτοχελίδονα (Delichon urbica), τα Σταβλοχελίδονα (Hirundo rustica) (που φωλιάζουν στην Πλάκα) και οι Σταχτάρες (Apus apus και Apus melba), που τείνουν να εξαφανιστούν. Αυτές φωλιάζουν στις σπηλιές του Ιερού Βράχου.
Στο φυσικό περιβάλλον της Ακρόπολης, με την πλούσια βλάστηση, που είναι προστατευμένο από τις ανθρώπινες δραστηριότητες, την άνοιξη φωλιάζουν επίσης αρκετά ζευγάρια (περίπου 10) από Τσαλαπετεινούς (Upupa epops). Οταν δέν φωλιάζουν στα δένδρα,χρησιμοποιούν τρύπες του Ιερού Βράχου για να φωλιάσουν. Άλλα πουλιά που βρίσκουν καταφύγιο και φωλιάζουν εδώ είναι: η Δεκαοχτούρα, ο Μυγοχάφτης, ο Κότσυφας, οι Παπαδίτσες, η Καρδερίνα, ο Φλώρος, η Καρακάξα, το Σπουργίτι, ο Μαυροτσιροβάκος.
Όταν αρχίζει να χειμωνιάζει και τα αποδημητικά έχουν φύγει, τότε μένουν τα μόνιμα και οι χειιμωνιάτικοι επισκέπτες, που έρχονται στην Ακρόπολη αυτή την εποχή. Τα μόνιμα είναι τα Αγριοπερίστερα, η Δεκαοχτούρα, ο Μαυροτσιροβάκος, ο Κότσυφας, ο Γαλαζοκότσυφας, η Καρδερίνα, ο Σπουργίτης. Το χειμώνα κάνουν την εμφάνισή τους η Ποοντικοβαρβακίνα, το Ξεφτέρι, ο Πετρίτης και η Τυτώ.
Αλλοι χειμωνιάτικοι επισκέπτες, που έρχονται από τον κρύο βορρά και βρίσκουν καταφύγιο στους αρχαιολογικούς χώρους της Ακρόπολης, είναι: η Σταχτοσουσουράδα, η Λευκοσουσουράδα, ο Τρυποφράχτης, ο Φυλλοσκόπος, ο Καρβουνιάρης, ο Κοκκινολαίμης, η Τσίχλα, η Γαλαζοπαπαδίτσα, το Σιρλοτσίχλονο, το Ψαρόνι, οι Σπίνοι..
Την άνοιξη μπορεί να παρατηρήσει κανείς να πετούν πάνω από την Ακρόπολη, σε διαφορετικούς σχηματισμούς, πουλιά που τραβούν για το βορρά, όπως Χήνες, Γερανοί, Ερωδιοί, Νυχτοκόρακες, Ασπροπάρηδες και διάφορα άλλα αρπακτικά.
Την άνοιξη (τις πρώτες μέρες των αποδημιών), μπορεί να ακούσει κανείς και το μελωδικό κελάηδημα των Αηδονιών. Επίσης, στις αρχές της άνοιξης πάντοτε, το νυχτερινό κάλεσμα του Γκιώνη, αλλά και της Κουκουβάγιας (όλο το χρόνο).
Η περιοχή της Ακρόπολης είναι πλούσια και σε ασπόνδυλα (έντομα, πεταλούδες). Υπάρχουν επίσης στο χώρο Χερσοχελώνες, Πρασινόσαυρες, το Κροκοδειλάκι και σπάνια κάνει την εμφάνισή της και η Δενδρογαλιά. Μέσα στα σπήλαια που υπάρχουν στο χώρο της Ακρόπολης, βρίσκουν κααταφύγιο οι Μικρονυχτερίδες (Pipistrellus pipistrellus).
Όλοι γνωρίζουν ότι η Αττική είναι ένας μεγάλος βοτανικός κήπος, το ίδιο ισχύει όμως για την Ακρόπολη και τους γύρω λόφους. Ανάμεσα στις Μαργαρίτες, στις Μολόχες, στις Παπαρούνες, στις Στενμπέργιες, στα Πεντάνευρα, τα Χαμομήλια, τα Περδικάκια, τις Κάππαρες και τις Βρωμούσες, υπάρχουν ενδημικά και σπάνια φυτά. Ένα απ` αυτά, το πιο σημαντικό ενδημικό, είναι η Micromeria acropolitana.
Η Μικρομέρια της Ακρόπολης είναι ένα μικρό πολυετές φυτό, που φυτρώνει αποκλειστικά στην περιοχή της Ακρόπολης. Είναι ενδημικό της Ακρόπολης, που ειχε χαθεί το 1908 και ανακαλύφθηκε ξανά απο το Γρηγόρη Τσούνη και το Λάμπρο Τσούνη (8-7-2009 έγινε η επιβέβαιωση της ανακάλυψης)..
Στο χώρο της Ακρόπολης φύονται και άλλα ενδημικά, όπως: η Centaurea attica, η Centaurea raphanina mixta, η Inula verbascifolia methanea, το Ornirhogalum atticum, καθώς και ορισμένα σπάνια για τον ελληνικό χώρο φυτά, όπως το Peganum harmala και το Biarum tenuifolium. Στο βράχο της Ακρόπολης υπάρχουν επίσης μερικά αξιόλογα βραχόφιλα φυτά, όπως η Scrophularia heterophyla, το ελληνικό ενδημικό Inula verbascifolia methanea, το mεριδόφuτο Cheilanthes vellea, κ.ά.
Επίσης,στη νότια πλευρά της Ακρόπολης, υπάρχει μια σαύρα που μοιάζει με μικρό Κροκοδειλάκι (Agama stellio)η (Laudakia stellio). Ζει συνήθως σε άνυδρες και ξηρές περιοχές. Βρίσκεται στα νησιά του Αιγαίου (ΒΑ Αιγαίο, Κυκλάδες, Δωδεκάνησα). Στην Κέρκυρα, στους Παξούς και σε μερικές περιοχές κοντά στη Θεσσαλονίκη, όπου πιθανώς έχει εισαχθεί εκεί από τον άνθρωπο.
Το Κροκοδειλάκι παρατηρείται για πρώτη φορά στην Αττική! Η πρώτη παρατήρηση έγινε στις 22 Οκτωβρίου του 2009. Το συγκεκριμένο είδος μάλλον έχει εισαχθεί από τον άνθρωπο. Ίσως έφτασε εδώ με τα μάρμαρα που φέρνουν για τις αναστηλώσεις των μνημείων της Ακρόπολης. Το θέμα έχει ενδιαφέρον και θα συνεχίσουμε να το μελετάμεΠάνω από 15 χρόνια μελετούμε το χώρο της Ακρόπολης,την Αρχαία Αγορά και τους γύρω λόφους και αρχαιολογικούς χώρους.Αν και βρισκόμαστε σχεδόν στο κέντρο της πόλης,η βιοποικιλότητα είναι από τις πιο πλούσιες και δεν έχει η περιοχή να ζηλέψει τίποτα απο άλλες σημαντικές περιοχές της χώρας..Είναι αναγκαίο να ληφθούν μέτρα για την προστασία της χλωρίδας,και της πανίδας. Έτσι ,θα μπορέσει να διατηρηθεί ο χλωριδικός πλούτος και γενικότερα η βιοποικιλότητα της περιοχής.